Mihrap
Mihrap, duvar içine oyulmuş tamamı tek parça mermerden yapılmıştır.
Mihrap, duvar içine oyulmuş tamamı tek parça mermerden yapılmıştır. Mihrabın etrafı kabartma çiniler ile süslenmiş olup, bu çinilerin üstünde lâcivert zemin üzerine iri beyaz harflerle Amen er Resulü ile Fatiha sureleri yazılıdır.
Mihrabın sağ ve soluna konmuş çiniler Rüstempaşa dönemi çinileri olup, üzerindeki yazılar da Mevlanâ Ahmet Karahisâri'nin manevi oğlu ve çırağı Hasan Çelebiye aittir.
Mihrap duvarındaki büyük çini panoların renk ve komposizyonları, bunlara Osmanlı ve dünya çiniciliğinin şaheserleri arasında özel bir yer vermektedir.
Mihrap Yarım Kubbesi
Mihrabın yer aldığı çıkıntılı bölümün üzeri yarım kubbe ile örtülmüştür. Mihrap yarım kubbesinin eski resimlerine bakıldığında bütün camide olduğu gibi Barok süslemenin hakim olduğu açıkça görülmektedir. Daha sonraki restorasyonlarda bu bezemeler değiştirilmiştir.
Şimdiki halde ortada bir yarım daire göbek motifi zencerekle sonuçlanır. Bunun dışında mavi zeminin hakim olduğu iri rumilerle yapılmış kahverengi bezeme gelir bu bezemenin barok etkisi açıkça gözlenmektedir.Bunun dışında bir zencerek, onun hemen ardında ise celi sülüs yazı gelmektedir.
Bu kubbe kırmızı zemin üzerine beyaz celi sülüs hat ile Tevbe Suresi'nin 18. ayeti yazılıdır. Bunun hemen ardından gelen yeşil zeminli bordur eksedralarda olduğu gibi çin bulutlarıyla yapılmış, içleri kırmızıyla doldurulmuştur. En dıştaki tığ işlemesi yine eksedralardaki siyah rumili tığların aynısıdır.
Yapıyı kubbenin eteklerindeki 32 küçük pencere ile caminin dört yüzünde yer alan ve üst üste altı sıra oluşturan pencereler aydınlatır. Mihrap bu özellikleriyle Selimiye'ye eşsiz bir güzellik kazandırmaktadır.